简介
和蛋白质组有关的研究，称作蛋白质组学（Proteomics)，以前最常用在从粹取物中分离蛋白质的方法是 二维电泳（2DE，or 2-D Electrophorensis），二维电泳的第一维过程中，蛋白质依其等电点的不同被分离开来，第二维的过程是用SDS-PAGE将蛋白质依分子量的不同加以分离，电泳结束后可将胶片以银染或Coomassie Blue的方式染色，让蛋白质显现出来。现在这种方法已经慢慢退出历史的舞台，而基于色谱分离与质谱的大规模蛋白质鉴定技术已成为蛋白质组学研究的中心。这种技术可以大规模地对蛋白质进行分析，通过质谱仪把蛋白质或肽段的组成信息以一级图谱与二级图谱的形式表现出来，最后把这些图谱与蛋白质或肽段产生的理论图谱相比较确定相似性（也即搜库），并最终确定样品中包含那些肽段，并通过肽段与蛋白质的对应关系，最终推断样品中包含的蛋白质。
展望
随着蛋白质组学的发展，定量蛋白质组学（比较蛋白质组学）也获得了广泛研究。它不仅检测基因表达的全部蛋白质，而且要检测其表达蛋白质的含量。定量蛋白质组学的主要研究内容可以说是蛋白质定量技术，而这种技术是生物标志物发现的重要途径。
总体来说，蛋白质组学现在只是一种工具，且这种工具还存在许多未解决的问题。